非法占用建设用地建厂房属违法行为，处理方式需结合具体情况分析：
1. 若非法占用的建设用地违反土地利用总体规划（如擅自将农用地改为建设用地），县级以上自然资源主管部门会责令退还土地，限期拆除新建厂房及设施，恢复原状。这是因该行为严重违反土地用途管制，破坏整体规划。
2. 若符合土地利用总体规划，相关部门会没收新建厂房及设施，可并处罚款。即便用途合规，未经合法批准的占用行为仍需担责。
3. 超批准数量占用建设用地建厂房的，多占部分以非法占用土地论处，同样适用上述处罚。
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非法占用建设用地建厂房可能面临多种法律风险，具体如下：
1. 经济损失风险：相关部门会依法罚款，若厂房被拆，还需承担拆除费，且建设成本无法收回。例如某企业非法占地建厂房，被责令拆除并罚款50万元，需支付20万元拆除费，300万元建设投入全部损失，总计损失370万元。
2. 刑事责任风险：情节严重构成犯罪的，责任人将被追究刑责。比如某人未经批准非法占用大面积土地建厂房且拒不整改，其行为违反《土地管理法》，构成非法占用农用地罪，最终被法院判刑并处罚金。
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处理非法占用建设用地建厂房问题，可依据《中华人民共和国土地管理法》（2019年修正版）第七十七条明确法律适用：
该条款规定：“未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款；对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。”
在非法占用建设用地建厂房问题中，“非法占用建设用地”属于“未经批准非法占用土地”情形。若行为违反土地利用总体规划，适用“限期拆除、恢复原状”；若符合规划，适用“没收建筑物及设施，可并处罚款”；超批准数量占用的，多占部分按非法占用土地处理。
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非法占用建设用地建厂房的处理需考虑特殊情况或例外情形，具体如下：
1. 事后批准：若建设方在非法占用土地建厂房后，通过合法途径获得相关部门事后批准，可能减轻或免除处罚。事后批准弥补了程序瑕疵，相关部门会根据批准情况调整处罚决定。
2. 公共利益需求：若为公共利益（如建设公共基础设施配套厂房）非法占用土地建厂房，相关部门可能采取责令补办手续、调整规划等方式处理，而非简单拆除，以平衡公共利益与法律规定。
3. 符合补办条件：若所建厂房符合当地规划要求及建设标准等补办条件，建设方可申请补办土地使用证、建设许可证等手续。补办后厂房将被认定为合法，避免拆除或没收，仅需承担罚款等责任。

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